Die wenigen überlieferten Quellen zur Zeit des Bauernkrieges erlauben es leider nicht, die direkten Einwirkungen der sozialen und wirtschaftlichen Unruhen auf die Weinwirtschaft der Abtei zu untersuchen (FN 436). Aus den wenigen Nachrichten, die in der Überlieferung der Abtei erhalten sind, läßt sich aber entnehmen, daß der Bauernkrieg die Abtei wirtschaftlich und institutionell in seiner Existenz in Bedrängnis brachte. Inwieweit die wirtschaftlichen (FN 437) und sozialen (FN 438) Spannungen sich auf die andlauischen Weinäckern auswirkten, läßt sich nur bedingt deutlich machen. Aus anderen Weingegenden sind Klagen über zu hohe Weingülten (FN 439) und über eine unbefriedigende Schankordnung (FN 440) bekannt (FN 441). Offensichtlich blieb die Abtei von inneren Unruhen verschont. Hörige, die im Rahmen der Fron die Weinberge bestellten und jetzt aufbegehrten, hat es in der Klosterwirtschaft nicht gegeben. Auch über Beschwerden der Pächter verlautet in den Quellen nichts. Offensichtlich erlebte die Andlauer Abteileitung den Bauernkrieg nur als einen sich außerhalb der Abtei vollziehenden Aufruhr, der aber die durch ausgedehnten Streubesitz gekennzeichnete Wirtschaftsorganisation erheblich beeinträchtigte. Generell bargen die Unruhen dieser Zeit für die Klöster die Gefahr, daß umherziehende Truppen sich an ihren meist gut gefüllten Getreidespeichern und Weinkellern vergriffen (FN 442). Schon die Züge der Bundschuhleute im Jahr 1493 und 1517 hatten den Herrschaftsbereich der Abtei berührt (FN 443). Die Unruhen im Elsaß vom April 1525 hatten ihren Ursprung im unmittelbaren Umfeld der Abtei, als der Straßburger Laienprediger Clemens Ziegler versuchte, gegen den Widerstand der Obrigkeit auf dem Kirchhof in Heiligenstein zu predigen (FN 444). Am 17. April, dem Ostermontag des Jahres 1525, kam es zu einer Vereinigung unzufriedener Bauern. Von Bernhardsweiler zog die Masse nach Altdorf, nahm das Kloster ein und machte es zum Hauptquartier. Die Bauern vertrieben die Klosterleute, verzehrten die Vorräte, zerstörten Inventar (FN 445) und Bauwerke und verkauften Wein und Hausrat (FN 446). Schnell wurden Stimmen laut, sich auch die Lebensmittelvorräte anderer Klöster zu beschaffen (FN 447). Die Priorei Truttenhausen und die Klöster Hohenburg, Niedermünster und Feldkirch wurden heimgesucht. Als ein Trupp Aufständischer sich anschickte, auch nach Andlau zu ziehen, wandte sich Äbtissin Kunigunde von Reinach (1494-1537) am 19.4.1525 hilfesuchend an den Rat der Stadt Straßburg (FN 448). Am selben Tag plünderten die Bauern den Hof der Abtei Neuenburg zu Dahlenheim und machten auch vor den dortigen Weinvorräten nicht halt (FN 449). Gleichwohl wurde Ebersheimmünster geplündert und Oberehnheim mehrmals aufgefordert, die Tore zu öffnen und das in der Stadt liegende Klostergut auszuliefern (FN 450). Wenngleich die Abtei Andlau selbst nicht Ziel eines Angriffes der Bauern gewesen zu sein schien, so waren doch die Güter der Abtei in höchster Gefahr. Der Schaffner Johannes Plünckel schrieb am 28.4.1525 an den Rat der Stadt Straßburg. Die Stadt möge die der Äbtissin gehörigen 14 Fuder Wein, die im Andlauischen Hof zu Barr lägen, in seinem Namen holen lassen, damit sie den Bauern nicht in die Hände fielen. Gerissen fügte er hinzu, die Stadt möge den Wein als Gegenwert der der Abtei geliehenen 200 fl ansehen. Gleichzeitig appellierte er an die Schutzaufgabe der Stadt: man müsse fürchten, daß die Klosterleute in Barr, (Mittel-)Bergheim und Andlau angegriffen würden. Doch der Hauptmann der Bauern, Ludwig Ziegler, erfuhr von diesem Plan und untersagte der Gemeinde Barr schriftlich, das dort liegende Gut der Abtissin abtransportieren zu lassen (FN 451). Als die Bauern von Truttenhausen und Ittenweiler der Abtei die Plünderung androhten (FN 452), wandte sich Äbtissin Kunigunde von Reinach (1494-1537) am 5. Mai 1525 erneut an Straßburg, zumal die Bauern aus Ebersheimmünster bereits vor der Abtei erschienen waren (FN 453). Die Äbtissin bat, man möge einen oder zwei Gesandte aus Straßburg schicken, die die Bauern beschwichtigen sollten. Denn sie fürchtete, daß ein Schreiben wirkungslos bleiben würde (FN 454). Die Lage spitzte sich zu, da auch Scherweiler und Dambach im Mai 1525 von Unruhen heimgesucht wurden (FN 455). In der Schlacht von Scherweiler müssen die dortigen Weinäcker ziemlich in Mitleidenschaft gezogen worden sein (FN 456). Auch für die Abtei wurde die Lage prekär. Im Juli 1525 sah sich Äbtissin Kunigunde von Reinach (1494-1537) gezwungen, mit Erlaubnis des Kaisers zwei Drittel (zweentheil) des Wein-, Korn- und Heuzehnten in Barr, Heiligenstein und (Mittel-)Bergheim den Edelherrn Niclas Ziegler, Herr zu Barr, zu verkaufen (FN 457). Nicht nur die Wirtschaft, auch die klösterliche Gemeinschaft wurde an den Rand des Zusammenbruches gebracht. 1529 sind Klagen über das nicht standesgemäße, gegen die Statuten der Abtei verstoßende, Leben einiger Klosterdamen überliefert (FN 458). Die Herren von Andlau konnten dieser Zeit als Sachwalter der Könige und Hüter der Reichsburg ihre Herrschaftsrechte weiter ausbauen (FN 459). Nur mit Hilfe des Kaisers gelang es der Abtei (FN 460) ihre Stellung zwischen den Herren von Andlau, der Straßburger Kirche (FN 461) und dem Dauphin von Frankreich (FN 462) zu behaupten.